真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和...

一次车祸让远野志贵（铃村健一 配音）拥有了能够看到“死之线”的能力。死之线是一些遍布在各种物体上的线，只要沿着它切割，就能轻易的摧毁物体，这种能力让志贵苦恼不已。一日放学的途中，志贵遇见了一名白衣女子，体内突然产生的杀意让志贵措手不及，还未反应过来便将女子切成了碎片。第二天，本该死去的女子却站在志贵的面前，她告诉志贵，自己叫做艾尔奎特（生天目仁美 配音），是拥有不死之身的吸血鬼，一直追踪并企图消灭...

神城麻郁（浪川大辅 配音）从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。　　某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈（中原麻衣 配音），他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的...