Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001......

降身于夜晚，引得警察手忙脚乱，背着翅膀，这不是怪盗基德，这是怪盗Dark（置鲇龙太郎配音）。沉睡了40年的Dark在高中生丹羽大助（入野自由配音）14岁生日当天借由大助暗恋的女生原田梨纱（浅野真澄配音）的照片苏醒。这在丹羽家是世代守护的秘密。于是，平凡的大助有了二重身份，晚上是窃取艺术品的怪盗，白天是高中生，而Dark的灵魂则寄居在大助的体内。身手灵敏的大助引起了同班同学日渡怜（石田彰配音）的注意...

外表像女孩子一样可爱的二鸟修一（畠山航辅 配音）常常遭到同龄男生的欺负和嘲笑，和女生却相处的分外融洽，长此以往，修一生出了“想成为女孩子”的念头。与此同时，女生高槻佳乃（瀬戸麻沙美 配音）因其帅气的外......

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……...